Durante anos, Matrix se tornou um clássico moderno da ficção científica, ao mesmo tempo que tem seus temas filosóficos estudados. Porém, foi confirmada uma teoria que aprofunda ainda mais os significados de tal obra. A diretora Lilly Wachowski declarou que a ideia por trás da criação da trilogia realmente é inspirada na identidade transgênero.
"Fico feliz que as pessoas estejam vendo Matrix como uma narrativa trans. Amo como ele se tornou importante para pessoas da comunidade. Estou feliz que perceberam como essa era a interação original, mas o mundo corporativo não estava preparado para isso. [...] A ficção científica nos liberou, como contadoras de histórias, pois conseguimos imaginar, na época, coisas que a gente não via na tela", contou Lilly em vídeo para a Netflix, falando sobre si mesma e Lana Wachowski, que se revelaram como mulheres trans em 2010 e 2016, respectivamente.
Na ocasião, Lily também aproveitou para citar que, inicialmente, tinha uma alusão clara sobre o assunto no longa. A personagem Switch (Belinda McClory) seria um homem no mundo real, mas uma mulher dentro da Matrix. Uma thread no Twitter da Netflix também apontou outras analogias trans que fãs e críticos encontraram ao longo dos anos, como o fato de Neo (Keanu Reeves) recusar seu primeiro nome ou até mesmo a escolha de qual pílula tomar, a azul ou a vermelha.
Lilly Wachowski não retorna para Matrix 4, que é escrito e dirigido por Lana. Keanu Reeves e Carrie-Anne Moss voltam, se juntando a um elenco formado por Neil Patrick Harris, Jonathan Groff, Yahya Abdul-Mateen II (Aquaman),Priyanka Chopra Jonas e Jessica Henwick. A previsão de lançamento é para 1º de abril de 2022.