Daisuke Aramaki trabalha em conjunto com a ciborgue Major Motoko Kusanagi para combater casos que vão de crises com reféns a máquinas de combate fora de controle. Mas, uma investigação envolvendo o hacker conhecido como Laughing Man coloca a Seção 9 diante de uma perseguição obrigando seus integrantes a questionarem os limites entre tecnologia e humanidade.