Ghost in the Shell: Stand Alone Complex mostra um futuro no qual os avanços tecnológicos tornaram possível substituir quase todo o corpo humano por partes mecânicas, aproximando ainda mais homens e máquinas. Com essa evolução, outros tipos de crimes surgiram, levando o governo japonês a criar a Seção 9, uma unidade de elite especializada em combater ameaças e crimes cibernéticos. Daisuke Aramaki trabalha em conjunto com a ciborgue Major Motoko Kusanagi para combater casos que vão de crises com reféns a máquinas de combate fora de controle. Mas, uma investigação envolvendo o hacker conhecido como Laughing Man coloca a Seção 9 diante de uma perseguição obrigando seus integrantes a questionarem os limites entre tecnologia e humanidade.
