Traumatizado pelo Segundo Impacto, o Quarto Anjo ataca Tóquio III e o destino da humanidade está agora nas mãos da agência especial Nerv. O jovem Shinji Ikari é forçado a pilotar o EVA-01. Este último, acompanhado pelo piloto Rei Ayanami, nos controles do EVA-00, é encarregado de lutar, mas o EVA-01 é danificado pelo Sexto Anjo. Misato Katsuragi traça um plano para transferir toda a eletricidade do Japão para o Canhão Positron do EVA-01 para derrotar o Anjo.