Em The Fragrant Flower Blooms With Dignity, A Escola Pública de Chidori e a Academia Particular de Kikyo, apesar de serem lado a lado, são mundos completamente diferentes. Kikyo é conhecida por seus alunos ricos e de boa reputação, enquanto Chidori tem fama de bagunçada, com estudantes encrenqueiros, criando uma forte rivalidade entre as duas instituições, com os alunos de Kikyo desprezando os de Chidori.
Rintarou Tsumugi (Nakayama Yoshinori), um aluno quieto e bondoso de Chidori, já se acostumou a ser mal julgado por causa de sua expressão severa. Ele não se importa muito, mas guarda em segredo: o fato de ajudar na padaria da família. Um dia, enquanto trabalhava, ele percebe uma garota que sai rapidamente antes que ele possa falar com ela. Essa garota é Kaoruko Waguri (Inoue Honoka), uma aluna de Kikyo. No dia seguinte, Kaoruko retorna para se desculpar e explicar que não fugiu por causa da aparência dele, deixando claro que o considera um bom rapaz. Apesar das diferenças entre eles e da rivalidade entre suas escolas, uma amizade inesperada começa a nascer. Juntos, eles precisam enfrentar preconceitos e estigmas por viverem em mundos opostos.