Após o desaparecimento de seu melhor amigo, a pequena Lyra Belacqua (Dafne Keen) foge da universidade onde mora com seu tio, Lord Asriel Belacqua (James McAvoy), para encontrar seu paradeiro. Com a ajuda de Will (Amir Wilson), ela então logo descobre que existe uma perigosa conspiração para sequestrar crianças.