Primeiro filme a ser indicado ao Oscar de Melhor Documentário, Melhor Animação e Melhor Longa-Metragem Internacional.
O ator Nikolaj Coster-Waldau ficou impressionado com o filme e foi convidado a participar como produtor executivo, mas disse que, devido ao orçamento limitado, não poderia ser pago. Coster-Waldau respondeu que não precisava, pois não era a razão pela qual ele concordou em fazê-lo.
Ao contrário da crença popular, o filme nunca usa rotoscopia para Amin, mas sim animação real desenhada à mão. A filmagem de suas entrevistas foram filmadas e usadas como referência, mas nunca foi desenhado por cima de acordo com o diretor de animação Kenneth Ladekjær.
O diretor Jonas Poher Rasmussen pensou que Flee seria inicialmente uma produção de rádio, depois um curta-metragem, combinando live-action e animação, antes de finalmente decidir criá-lo como um documentário animado.