O Incidente de Darwin acompanha Charlie, um adolescente singular: fruto de um experimento biológico, ele é meio humano e meio chimpanzé: com inteligência elevada, força extraordinária e uma identidade dividida entre dois mundos. Criado por uma família humana desde o nascimento, Charlie tenta viver como qualquer garoto de 15 anos ao entrar no ensino médio, mas está na mira da Aliança de Libertação Animal (ALA), uma organização radical que fará de tudo para capturá-lo. Agora, Charlie precisa lutar para se proteger e proteger quem ele ama.