The Ministry of Time se passa em um departamento governamental novo que reúne pessoas de diferentes períodos da história para testar a possibilidade de viagens no tempo. Depois de conquistar uma promoção disputada no serviço público, Sophy (Aoife Hinds) descobre que seu novo trabalho é ajudar um viajante do tempo a se adaptar ao mundo moderno. O comandante Graham Gore (Billy Howle), explorador da era vitoriana, veio para o tempo atual e agora os dois precisam trabalhar juntos. Eles desenvolvem uma amizade no ambiente de trabalho, porém, a relação acaba se transformando em um romance intenso e proibido. Ao mesmo tempo, Sophy começa a perceber que o Ministério esconde intenções muito mais perigosas do que aparentava.