Missão Silenciosa acompanha Shiro Kaieda (Takao Osawa), o comandante do submarino nuclear Yamato, e outro criado em conjunto pelo Japão e pelos Estados Unidos da América. Inspirado no mangá de Kaiji Kawaguchi, a produção é ambientada na guerra japonesa e mostra o trajeto dele até Nova York. No entanto, ao chegar nas águas do Estreito de Bering, ele é perseguido por um outro submarino, agora de última geração e feito por completos inimigos. À medida que a disputa se acirra, as tensões políticas parecem cada vez piores no Japão.