Após os eventos de Mutant Mayhem, as Tartarugas Ninja continuam suas aventuras em Nova York, lidando com os desafios da adolescência e as ameaças do mundo mutante. Quando são separados para enfrentar o vilão Bishop, que quer exterminar todos os mutantes, os irmãos precisam aprender a agir sozinhos. Em seguida, enfrentam um novo grupo de mutantes aquáticos. A série explora o crescimento pessoal das Tartarugas, enquanto elas descobrem como se tornar verdadeiros heróis e enfrentar os perigos que surgem.