Detective Conan conta a história de Shinichi Kudo, um adolescente muito bom na hora de solucionar crimes, que é transformado em criança após ser obrigado por uma gangue a tomar um medicamento misterioso. Diante dessa mudança repentina e com medo de ser descoberto, Shinichi assume a identidade de Conan Edogawa, uma combinação dos nomes de Sir Arthur Conan Doyle e Ranpo Edogawa, autores de livros de crimes, e passa a morar com sua amiga Ran Mori, filha do detetive Kogoro Mori. Conan conta com a ajuda do cientista Doutor Agasa, o único que conhece seu segredo, para tentar reverter seu rejuvenescimento. Tudo isso, solucionando de crimes misteriosos e perseguindo os vilões responsáveis por seu envenenamento.