Há um debate entre os fãs da série acerca das histórias introduzidas na série animada fazerem ou não parte da história principal. Apesar disso, a história continua a partir da primeira série de TV de Star Trek, e adapta muitas histórias de roteiros arquivados. Também, muitos elementos que aparecem pela primeira vez na animação são usados a partir de então, e até mesmo alguns dos eventos que ocorrem nela são mencionados em Jornada nas Estrelas: A Nova Geração.
Os roteiros e conceitos usados na série (em sua maioria adaptados dos roteiros da série de 1966) são em geral de alto padrão de qualidade, tendo ganhado um Emmy de Melhor Programa Infantil em 1973, e a série é, em muitas formas, digna de inclusão nas origens de Star Trek.