Em NCIS: Sydney, uma força-tarefa de elite é montada com os perspicazes agentes da NCIS dos Estados Unidos e os mais talentosos detetives da Polícia Federal Australiana (AFP). Unindo esforços e cérebros, esse esquadrão resolve, sobretudo, casos envolvendo crimes marítimos em uma das faixas oceânicas mais disputadas e perigosas do mundo devido ao contrabando e tráfico.