Godzilla Ponto Singular acompanha a pesquisadora Mei Kamino e o engenheiro Yun Arikawa, dois jovens gênios que encaram uma ameaça sem precedentes na Nigashio City de 2030. Mei Kamino se dedica a estudar criaturas fantásticas e investiga enigmáticos sinais recebidos do escritório administrativo do distrito de Old Tsuguno, o "Misakioku". Já Yun Arikawa trabalha na polivalente fábrica Otaki e examina pistas em uma casa há muito tempo abandonada. Dois estranhos, visitando lugares completamente diferentes como parte de investigações completamente diferentes. Mas ambos ouvem a mesma música – uma música que os une e os leva a uma perigosa batalha contra uma força inimaginável. Um mistério deixado para trás por um pesquisador solitário, monstros aparecendo aqui e ali, um mundo tingido de vermelho. Para salvar a humanidade, os dois querem convocar Godzilla, o mais poderoso de todos os animais, e enviá-lo para a luta.
