Na segunda temporada de Fubar, a história avança a partir do desfecho da primeira, quando as identidades de Luke Brunner e sua equipe são reveladas. Para sobreviver, todos entram no programa de proteção a testemunhas e passam a viver juntos na mesma casa uma convivência forçada que rende momentos tão caóticos quanto engraçados. A nova ameaça surge com Greta Nelso, uma ex-espiã alemã e antigo amor de Luke. Agora, a equipe precisa impedir que ela e seu aliado desencadeiem uma possível Terceira Guerra Mundial.