Baseada nos contos de Ken Liu, Pantheon acompanha Maddie Kim, uma adolescente que recebe mensagens de um desconhecido afirmando ser seu falecido pai. Ela descobre que sua consciência foi digitalizada pela Logorhythms, empresa que busca a imortalidade digital de forma antiética. Caspian Keyes, um jovem monitorado pela empresa, também questiona sua realidade. Enquanto buscam respostas, encontram Vinod Chanda, vítima do mesmo experimento. Juntos, desvendam uma conspiração global que ameaça desencadear uma guerra cibernética sem precedentes.