O Instituto acompanha o drama de um jovem chamado Luke Ellis, que, um dia, acorda num lugar desconhecido ao lado de outras crianças e adolescentes com poderes especiais. Em uma cidade vizinha, perto dali, o ex-policial Tim Jamieson procura recomeçar sua vida, apesar de ainda atormentado por seu passado. Mas a paz e a quietude que busca rapidamente se dissolve quando seu destino parece predestinado a encontrar o de Luke.