Em Xógun: A Gloriosa Saga do Japão, acompanha-se a chegada do marinheiro Jack Blackthrone, em meio a um conflito do poderoso Daimiô Lord Toranaga com seus rivais políticos e uma misteriosa samurai, Lady Mariko, uma mulher com laços familiares desonrados que deverá provar o seu valor e alianças.