Arrivals: A New Manifest Mystery segue a queda de um avião em Denver. Os passageiros saem da aeronave sem nenhuma lembrança de quem são, de onde vieram ou como foram parar ali. Porém, o acontecimento que já era misterioso se torna perigoso quando uma ameaça eminente surge. Logo, uma jovem assistente social e um agente novato da Segurança Interna se reúnem com os sobreviventes na tentativa de impedir uma catástrofe que poderia acabar com a humanidade. Durante a investigação para desvendar o que de fato está acontecendo, eles descobrem que todos fazem parte do próprio quebra-cabeça que estão tentando resolver.