A Canção do Samurai segue a perspectiva de Hijikata Toshizo (Yamada Yuki), um antigo lutador de rua que se integra ao grupo militar, durante o período Edo em Kyoto. Precisando lidar com a quebra de lealdades durante o declínio do xogunato no Japão feudal, testes intensos são feitos entre ele e seus companheiros de equipe.