Em 2029, a cidade de Niihama tornou-se um símbolo dos avanços tecnológicos, onde implantes cibernéticos e corpos parcialmente robóticos fazem parte da vida cotidiana. Nesse cenário, a Seção 9 de Segurança Pública combate crimes de alta complexidade envolvendo terrorismo, corrupção e cibercriminosos. À frente da equipe está a Major Motoko Kusanagi, encarregada de capturar o enigmático hacker conhecido como Puppet Master, responsável por invadir mentes e apagar memórias. À medida que a investigação se aprofunda e diferentes organizações passam a disputar o controle do caso, Motoko é levada a questionar a própria identidade, a consciência humana e a tênue fronteira entre homem e máquina.
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