Com os heróis já estabelecidos no filme anterior, Bryan Singer pôde avançar em sua proposta de calcar o universo dos personagens em um mundo que discrimina os mutantes. É este o tema central de X-Men 2 (2003), bem mais ambicioso que o anterior, até mesmo pela abordagem sobre a origem de Wolverine (Hugh Jackman) e o ensaio para uma das histórias mais conhecidas dos personagens nos quadrinhos: a saga da Fênix.