Brincando nos Campos do Senhor se passa na década de 1960. Martin (Aidan Quinn) e Hazel Quarrier (Kathy Bates) são um casal de missionários fundamentalistas, no qual embarcam em uma jornada desafiadora às selvas da Amazônia brasileira, determinados a converter tribos indígenas ainda céticas sobre a fé cristã. Enviados por Leslie Huben (John Lithgow), um líder missionário mais preocupado com rivalidades do que com o bem-estar dos nativos, eles logo se veem confrontados com suas próprias convicções e medos.