O filme Café, Pepi e Limão se passa na Bahia, local no qual três jovens negros se encontram. Aristides, conhecido por Café, foge da sua cidade interiorana quando sua família se mete em um grande problema. Pepi, ou Penélope, vive a dura realidade de ter sido expulsa e julgada pela própria mãe após denunciar um estupro por parte do proprio padastro. Já o jovem Carlos, vive a vida como Limão, ao lado de sua amável mãe debaixo de um viaduto por conta do vício dela em crack. Os três precisam unir suas forças e formar um laço de amizade que será a única opção plausível para enfrentar tanta dor na juventude.
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