As filmagens ocorreram nos estados do Ceará, Pernambuco e Rio de Janeiro. É o 1º filme produzido no Ceará a enfocar o século XIX.
Foi realizada uma grande pesquisa sobre a vida de Bezerra de Menezes, conduzida por seu biógrafo Luciano Klein e pela roteirista Andréa Bardawill.
O orçamento de Bezerra de Menezes - O Diário de um Espírito foi de R$ 2 milhões.