Deixem-nos Passar, Caros Ancestrais se passa em Luzon em 1617. O padre espanhol Padre Enciso (Bart Guingona), que manda em uma das ilhas das Filipinas como se fosse o dono do lugar, governa com mão de ferro e um forte desejo sexual. Ele justifica sua crueldade dizendo que o sofrimento de Jesus liberta a alma, por isso, qualquer indígena que aceita sua religião acaba condenado à destruição. Milhares de nativos morreram construindo igrejas do século XVII e o filme retrata a formação da resistência da curandeira Babayeng Indimatadog (Isabel Sandoval), seu irmão Himamat (Ronnie Lazaro), o bandido Bari Bari (Yul Servo) e a expedição forçada de Dungwen (Christian Bables) tentando salvar a população da brutalidade da colonização.
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