A Margem do Rio gira em torno de um auxiliar de serviços gerais que vive em Recife, Izaquiel (Caique Copque). A sua cidade é repleta de rios e manguezais e à noite, ele se passeia pelo mangue para participar de encontros, mantendo uma parte de sua vida em segredo. Tudo muda quando conhece Jeremias (Ítalo Martins), um pescador misterioso e com um magnetismo único, que desperta novos sentimentos no rapaz. Em pouco tempo, uma ameaça externa leva violência à região, Jeremias leva Izaquiel para as profundezas do manguezal, onde os dois precisam enfrentar os perigos que cercam aquele lugar. Entre desejo e religiosidade, o filme utiliza a vida dos personagens para falar sobre a sociedade ao redor deles.