Baseado em fatos reais, Crianças Invisíveis conta a história de uma menina órfã de 12 anos que vivia os últimos dias da Segunda Guerra Mundial na cidade de Tóquio. Para sobreviver, ela precisou se disfarçar como um menino, sem imaginar que sua professora carregava dentro de si uma culpa sem igual. Atormentada, a mulher adulta refez todos os seus passos em uma busca desesperada.