Salve Geral: Irmandade acompanha o cenário e os personagens da série Irmandade, dessa vez, porém, sob um perigo ainda maior quando os principais líderes criminosos são transferidos para prisões de segurança máxima. É graças a essa decisão que a filha de 18 anos de Edson, criador da Irmandade, é sequestrada por policiais corruptos. Enquanto Elisa está presa sob as ordens desses bandidos, sua tia Cristina tenta resgatá-la. Ao mesmo tempo, a facção ordena o famoso Salve Geral, uma série de ataques violentos contra delegacias e forças de segurança para distrair as autoridades, mergulhando a cidade de São Paulo em caos absoluto.