Fernão de Magalhães conta a história do navegador português a partir do ponto de vista dos povos nativos da Ásia que foram colonizados em suas expedições. O drama do diretor filipino Lav Diaz reinterpreta a trajetória do navegador Fernão de Magalhães (Gael García Bernal), que desafiou a Coroa Portuguesa após a rejeição de seu ambicioso projeto de circunnavegação do que se conhecia da Terra no século XVI. Ele apresenta sua empreitada à monaquia espanhola e, financiado pelos inimigos de sua terra natal, embarca em uma jornada exploratória na Frota das Especiarias. À cada lugar que chega e explora, Magalhães demonstra ser governado pela ambição sem escrúpulos. Do outro lado estão os povos nativos desses territórios ocupados pela expedição colonizadora.