Um Fantasma na Batalha acompanha um dos momentos mais importantes realizados contra o ETA, a organização separatista basco que acabou virando um grupo de terroristas responsável por amedrontar a Espanha por um longo tempo. Durante as décadas de 1990 e 2000, o filme acompanha mais especificamente a jovem Amaia (Susana Abaitua), uma jovem guarda civil que passou esse período infiltrada dentro da ETA. Com o objetivo de encontrar os locais nos quais eles se escondiam no sul da França, a missão foi rastreada e o longa é baseado em fatos reais do contexto histórico, político e social da época.